La Fondation Entre-Lacs est un établissement privé reconnu d’utilité publique. Le financement des prestations obligatoires et son exploitation sont assurés par des subventions publiques, octroyées par le Service de l’enseignement spécialisé et de l’appui à la formation (SESAF).  Ce même service exerce la haute-surveillance sur les activités de la Fondation. Certains projets sont financés par des dons privés et des soutiens ponctuels.